A diferença prática entre as duas formas
Agência é substantivo. Agencia é verbo. A diferença está numa vírgula de crase que você pode escrever de um lado ou do outro. Se você escreve textos para clientes e erra isso, o efeito é ridículo em pouco tempo.
Agencia ou agência: como saber qual usar
O problema que eu vejo todo dia em revisões de copywriting é gente usando "agencia" quando deveria ser "agência" e vice-versa. Vou mostrar o raciocínio que você usa na prática, não a regra decoreba de gramática. Pegue a palavra e tente transformar no plural. Se ela vira "agências", é substantivo e leva acento circunflexo. Se ela vem de uma conjugação verbal e o plural seria outra coisa, aí não tem acento.
Exemplo prático: "A agência de viagens fechou o contrato." Plural: "As agências de viagens..." Certo. É substantivo. Leva acento. Outro exemplo: "Ele agencia as reuniões toda semana." Aqui o sujeito é "ele", então é a terceira pessoa do presente do indicativo do verbo agenciar. Sem acento. É verbo. Se você colocar acento ali, fica errado.
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O que acontece na prática é que muitas pessoas não percebem que "agenciar" existe como verbo. Elas só conhecem o substantivo. Então tudo vira "agência" na cabeça, mesmo quando o contexto exige o verbo. Tem um detalhe que quase ninguém menciona: o verbo agenciar tem conjugação regular, mas em algumas regiões do Brasil o tratamento oral pode fazer você esquecer que ele existe. Eu ouvi um colega meu de agência de marketing saying "a agência faz o seguinte: agencia todas as peças" e ele disse "agencia" com a mesma pronúncia que usaria para o substantivo. Na escrita fica evidente o erro. No oral passa despercebido.
Aqui vai uma situação real que me aconteceu há dois anos. Eu estava revisando um contrato digital para um cliente que contratou uma agência de publicidade. No documento constava a frase: "O pagamento será feito pela agencia responsável." Eu corrigi para "agência" porque era substantivo. Aí notei que, no parágrafo anterior, estava escrito "Ela agencia todos os contratos com os fornecedores." Este aqui era o verbo, então estava correto sem acento. O texto tinha as duas formas misturadas há dois dias e ninguém tinha pego. Isso é normal em produção de conteúdo sem revisão dedicada. Uma coisa contra-intuitiva que eu aprendi: quando você usa ferramentas de correção automática, elas frequentemente não entendem essa distinção. O corretor da Microsoft Office às vezes marca "agência" como errado se o dicionário não tiver a palavra em versão com acento — algo comum em configurações mais antigas. E às vezes o Google Docs marca "agencia" como OK quando deveria alertar sobre o erro. Use o corretor como segundo olhar, não como autoridade máxima. O raciocínio gramatical é mais confiável.
Outro ponto que muita gente perde: o acento circunflexo em "agência" marca tanto a vogal fechada quanto a sílaba tônica. Isso é diferente de outras palavras oxítonas terminadas em "-ão", que não levam acento. "Pescarão" é futuro do indicativo e não tem acento porque é oxítona. "Agência" é paroxítona terminada em ditongo nasal, e essa regra exige o acento circunflexo. Entender a classificação de sílabas resolve muito mais casos do que decorar listas de palavras. Resumo rápido: substantivo = agência (com acento). Verbo agenciar, terceira pessoa = agencia (sem acento). Se você tiver dúvida, transforme no plural. Se funcionar com "s" no final, é substantivo. Se não funcionar, provavelmente é verbo.